Una crono de fuertes emociones en Hungría, con los dos protagonistas del campeonato hundidos en la parrilla por una penalización, que aumentó considerablemente la temperatura del Mundial. Fernando Alonso fue sancionado con dos segundos después de la segunda tanda de entrenamientos libres del viernes por adelantar con banderas amarillas y por un pique con el holandés Robert Doornbos, tercer piloto de Red Bull. Michael Schumacher, por su parte, fue "víctima" de una bandera roja en la tercera tanda libre del sábado por la mañana. A Button le estalló el motor y los comisarios pararon la sesión para poder limpiar la pista. En esas condiciones Schumacher pasó a Kubica y Alonso. Después de dos horas de investigación, decidieron sancionarle con dos segundos para la calificación. Lo mismo que a Fernando. Los dos candidatos al título saldrían a la crono con el hándicap de tener que sumar dos segundos a su mejor tiempo en cada una de las tres tandas. Superar el primer corte se aventuraba difícil, el segundo era imposible.

Mientras en Renault se lamentaban del favoritismo de la FIA hacia Ferrari, buscando una mano negra por la penalización pero también por la prohibición del mass dumper ("acuden a la FIA porque se ven en apuros y no es justo. En la F1 cada novedad es importante. No entiendo que se considere ilegal una pieza que lleva más de un año siendo correcta", decía Flavio), en la Scuderia, y principalmente Michael, aseguraban que el español había ralentizado el ritmo para hacerle incurrir en la sanción. Los ánimos estaban encrespados. Incluso en Renault, donde la tensión cada vez es más evidente con Alonso. Flavio Briatore no quiso apelar la decisión de los comisarios porque, según él, su piloto era claramente culpable. El italiano apuntó que "Fernando y Michael han cometido dos estupideces increíbles. Se han comportado como niños. No pueden fallar de esta manera en un momento en el que se están jugando el Mundial".

Michael Schumacher y Fernando Alonso pasaron el primer corte, pero en el segundo, pese a sumar el primero y el segundo mejor tiempo, se quedaron fuera. Se situaron 12º y 15º en parrilla. La penalización a Button por romper el motor, que pasó de ser cuarto a decimocuarto, le permitió a Michael ganar una posición, situándose finalmente undécimo.

Ausentes los favoritos, la lucha por la pole quedó más abierta que nunca, pero Raikkonen hizo valer su mayor experiencia para superar a Felipe Massa y sumar la segunda pole consecutiva. Pedro de la Rosa fue otro de los destacados de la jornada. El barcelonés finalizó quinto, cuarto en parrilla por la avería de Button, y tenía la opción de luchar por el primer podio de su vida. Era la mejor calificación de su historia en la F1.